冷卻器使用海水時的防污問題。現在，作為防止海生生物附著的方法有往海水中連續注入通過電分解方法得到次亞鹽酸鈉(NaClO)的方法。實際運行說明，在使用海水的冷卻器中連續注入次亞鹽酸鈉(0.9ppm)后進行測定，運行3個月后，其總傳熱系數沒有發生變化。在夏季海藻和貝類容易繁殖的時期，連續注入次亞鹽酸鈉也能確保傳熱性能不變。其它的方法還有，從環境保全上看，采用臭氧和熱水的防污也是有效的，但冷卻器尚未進行實驗驗證和確立相應的技術方法。
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